特點
是使用最廣泛的緩衝系統。其特點是超螺旋在其中電泳時更符合實際相對分子質量（TBE中電泳時測出的相對分子質量會大於實際分子質量），且雙鏈線狀DNA在其中的遷移率較其他兩種緩衝液快約10%，電泳大於13kb的片段時用TAE緩衝液將取得更好的分離效果，此外，回收DNA片段時也易用TAE緩衝系統進行電泳。TAE的缺點是緩衝容量小，長時間電泳（如過夜）不可選用，除非有循環裝置使兩極的緩衝液得到交換。配製時一般配製50×TAE Buffer ，用時再稀釋。
50×TAE Buffer配製方法：1。稱量Tris 242g，Na2EDTA.2H2O 37.2g於1L燒杯中；2。向燒杯中加入約800ml去離子水，充分攪拌均勻；3。加入57.1ml的冰乙酸，充分溶解；4。用NaOH調pH至8.3，加去離子水定容至1L後，室溫保存。使用時稀釋50倍或100倍 即1×TAE Buffer 或 0.5×TAE
TBE的特點是緩衝能力強，長時間電泳時可選用TBE，並且當用於電泳小於1kb的片段時分離效果更好。TBE用於瓊脂糖凝膠時易造成高電滲作用，並且因與瓊脂糖相互作用生成非共價結合的四羥基硼酸鹽複合物而使DNA片段的回收率降低，所以不宜在回收電泳中使用。
TPE的緩衝能力也較強，但由於磷酸鹽易在乙醇沉澱過程中析出，所以也不宜在回收DNA片段的電泳中使用。
